故事时间线设定在女神雅典娜刚刚打败冥王哈迪斯，极乐净土以及整个冥界正处於崩坏之时，此时已经没有立足点的星矢等人正利用雅典娜神之力前往地上界的途中，然而就在这时，另外一个邪恶神明的出现正筹划着侵袭大地，她就是古希腊神话中冷酷无情的复仇女神——涅墨西斯。 复仇女神涅墨西斯亦被誉为希腊神话中人格化为冷酷无情的神明，此番从圣域中苏醒过来，是对人类接连杀死神明的不满，故要消灭人类、毁灭大地。与之相反，曾经作为反派的哈迪斯与波塞冬却首次联手拯救世界。海皇此次的复活不再与女神雅典娜为敌，而是受冥王哈迪斯所托，从企图侵袭地球的新Boss复仇女神涅墨西斯手中保护人类和大地。为了守护地球的和平，海皇波塞冬挺身而出，替代此刻缺席的圣斗士们来维护人间的安宁。为了提升海皇一方的战力，哈迪斯还特地伸出援手，复活了包括加隆在内的海将军，他们要在海皇波塞冬的带领下阻止复仇女神对人类和大地降下神罚，与涅墨西斯手下的「英魂士」（暂译）贝雷隆伯、泰蕾普西葛拉、卡德摩斯等展开激战
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