魔法禁书目录 恩底弥翁的奇迹漫画 ，学园都市制宇宙升降机「恩底弥翁（Endymion，希腊神话中的恩底弥翁:埃特里俄斯俊美的儿子,为月亮女神塞勒涅所钟爱。）」。
就在这个设施即将完成之际，上条与茵蒂克丝同无能力者（LEVEL0）少女·鸣护阿莉莎相遇了。
茵蒂克丝与阿莉莎在名为「旺盛食欲」的谜团上找到了共同语言，因此意气相投。就在三人於放学後游玩时，遭遇了带着魔法师而来的史提尔发起的突然袭击。其目标，便是阿莉莎。为什麽身为科学侧一方的她会遭遇魔法侧的袭击？在遭遇魔法侧强袭後，学园都市一侧，女性领袖·夏特阿舞拉所率领的安保部队展开了行动。
就在上条与茵蒂克丝，以及阿莉莎被卷入进的状况弄得云里雾里时，史提尔这麽说道：
「那儿的妹子，可能会引发魔法侧与科学侧之间的战斗」
科学与魔法交会之时，以「恩底弥翁」为舞台的故事开始了——
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